Игумен Пафнутий (в миру — Петр Андреев) родился 16 августа 1845 года в Новгородской губернии в крестьянской семье. В 26-летнем возрасте прибыл в Валаамский монастырь. Первое время в монастыре он проходил общие послушания, затем более десяти лет трудился в слесарной мастерской. В 1776 году зачислен в число монастырского братства, в 1883-м пострижен в монашество с наречением имени Пафнутий. В 1885 году рукоположен во иеродиакона и через три года — во иеромонаха. В течение четырех лет отец Пафнутий состоял экономом монастырской часовни на Калашниковской набережной в Петербурге. Во внимание к его доброй иноческой жизни, по представлению настоятеля монастыря игумена Гавриила, в 1894 году был утвержден в должности ризничного, а спустя четыре года назначен казначеем Валаамского монастыря. В 1903 году избран братией на должность наместника. 28 июня 1905 года иеромонах Пафнутий был возведен в сан игумена с возложением палицы.
При нем было завершено строительство храма Сергиевского скита, а также каменного храма в Воскресенском скиту. В Петербурге, на Васильевском острове, по благословению игумена Пафнутия была начата постройка большого каменного пятиэтажного доходного дома. Игумен Пафнутий был прост в обращении с братией и этой искренней простотой располагал к себе.
Игумен Пафнутий скончался 31 мая 1907 года от тифа, в возрасте 61 года, и погребен на Игуменском кладбище рядом с могилой игумена Виталия.
Как и его предшественник по настоятельству, отец Пафнутий прожил в обители 37 лет. О том, что и по смерти игумены не оставляют без помощи свою обитель, свидетельствует такой случай. О нем рассказал монах Евграф, заведующий известегасильным заводом: "У нас в монастыре всегда хорошо, и летом и зимой. Да, лучше нашего монастыря нигде нет. Я живу вот 22-й год. Враг один раз стал меня искушать, внушая: "Уйди, да уйди. Чего ты здесь живешь?" И вот раз забылся я минут на семь, и вижу покойного нашего игумена Пафнутия, который посмотрел на меня строго, да и говорит: "Ты, смотри Евграфушка, отсюда никуда не уходи". А мне очень уж радостно стало, что я его увидел, и спрашиваю: "Хорошо ли тебе, батюшка?" А он и отвечает: "Очень хорошо. Вот вы в церкви нас не видите, а мы так всех вас видим". Сказал это и скрылся. И я проснулся. С тех пор я из головы выбросил всякую думу, чтобы отсюда уйти".