Ансамбль подворья с церковью в честь Казанской иконы Божией Матери строился в 1904 – 1910 годах по проекту архитектора Василия Косякова. Это комплекс зданий, включающий пятиглавый трехпрестольный храм, звонницу, часовню, келейный и настоятельский корпуса. Подворье было построено для Староладожского Успенского женского монастыря Новгородской епархии на пересечении Hарвского и Старо-Петергофского проспектов, недалеко от Обводного канала. В строительстве комплекса было удачно применено сочетание традиционных и новых материалов: светлого отделочного кирпича, радомского песчаника, сердобольского гранита, железобетона, цемента и других.
В 1910 году главный придел храма был освящен в честь Казанской иконы Божьей Матери.

После революции, в 1919 году монастырское подворье было ликвидировано. Казанская церковь стала приходской. С августа 1922 по февраль 1923 годов - относилась к Петроградской автокефалии, а с 1923 по октябрь 1935 года - к Патриаршей Церкви. Церковь была закрыта 7 октября 1935 года и затем перестроена. В закрытом храме располагались швейная фабрика, затем мебельный комбинат.

С 1989 года в возвращенных церкви зданиях разместилось подворье Спасо-Преображенского Валаамского мужского монастыря.
2 апреля 1994 года, после проведения реставрационных работ, было совершено освящение Патриархом Всея Руси главного престола церкви во имя Казанской иконы Божьей Матери.
В церкви имеются боковые приделы: южный - во имя святителя Николая и северный, во имя преподобного Серафима Саровского. При храме открыта часовня святых новомучеников Российских.
В Казанской церкви службы совершаются по монастырскому уставу, что привлекает большое число прихожан. Известен прекрасный хор Валаамского подворья.